Можно ли укладывать массивную доску на влагостойкую фанеру? Какой клей порекомендуете для укладки доски с параметрами: длина около 3000 м, ширина около 100 мм?

Можно. В большинстве случаев рекомендуется использовать фанеру ФК (средней водостойкости). Клей для такой доски (впрочем, как и для любой другой массивной доски) нужно использовать двухкомпонентный, полиуретановый, любого из известных производителей, например, Stauf.